สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 9 ประกอบด้วยหน่วยงาน 5 ส่วน/ ฝ่าย และ 5 สถานีพัฒนาที่ดิน ดังนี้
1. ฝ่ายบริหารทั่วไป - งานธุรการ งานการเงิน บัญชีและพัสดุ - จัดทำแผนงาน งบประมาณประจำปี ควบคุมการเบิกจ่ายงบประมาณและติดตามผลการปฏิบัติงานของหน่วยงานต่างๆ ในกอง - งานบริหารงานบุคคลและงานประชาสัมพันธ์ของหน่วยงาน - จัดทำทะเบียนวิจัย และรวบรวมผลงานวิจัยของเขต
2. ส่วนวิชาการเพื่อการพัฒนาที่ดิน - ศึกษา วิจัย ทดสอบ และสาธิตการพัฒนาที่ดิน - ร่วมกับกองส่วนกลางในการปฏิบัติงานวิจัยแบบบูรณาการ การจัดอบรม เผยแพร่ ประชาสัมพันธ์ และการจัดนิทรรศการ - ผลิต ทดสอบ และควบคุมคุณภาพพันธุ์พืชเพื่อการอนุรักษ์ดินและน้ำ - ให้คำปรึกษาแนะนำทางวิชาการแก่ฝ่ายปฏิบัติงานของสถานีพัฒนาที่ดิน
3. ส่วนวางแผนเพื่อการใช้ที่ดิน - สำรวจจำแนกดินอย่างละเอียด - สำรวจวิเคราะห์ข้อมูลสภาวะเศรษฐกิจและสังคม - วางแผนการใช้ที่ดินระดับไร่นา - ร่วมจัดทำแผนพัฒนาทรัพยากรระดับตำบล
4. ฝ่ายสำรวจเพื่อทำแผนที่ - สำรวจและจำทำแผนที่ระดับขอบเขตและการถือครองที่ดินอย่างละเอียด เพื่อใช้ในการวางแผนการใช้ที่ดินระดับไร่นา
5. ส่วนวิเคราะห์ดิน - วิเคราะห์ดิน น้ำ พืช สิ่งที่เกี่ยวข้องกับดิน และประเมินความอุดมสมบูรณ์ของดิน - ให้บริการวิเคราะห์ดินหน่วยงานของ สพข. ส่วนราชการอื่น เกษตรกร และเอกชน
6. สถานีพัฒนาที่ดินกำแพงเพชร มีหน้าที่ปฏิบัติการในด้านการพัฒนาที่ดิน การสาธิต การฝึกอบรมผู้นำเกษตรกร และการเผยแพร่กิจกรรมของงานพัฒนาที่ดินในเขตจังหวัดกำแพงเพชร พร้อมทั้งควบคุมการปฏิบัติงานของหน่วยพัฒนาที่ดินในระดับอำเภอ
7. สถานีพัฒนาที่ดินตาก มีหน้าที่ปฏิบัติการในด้านการพัฒนาที่ดิน การสาธิต การฝึกอบรมผู้นำเกษตรกร และการเผยแพร่กิจกรรมของงานพัฒนาที่ดินในเขตจังหวัดตาก พร้อมทั้งควบคุมการปฏิบัติงานของหน่วยพัฒนาที่ดินในระดับอำเภอ
8. สถานีพัฒนาที่ดินนครสวรรค์ มีหน้าที่ปฏิบัติการในด้านการพัฒนาที่ดิน การสาธิต การฝึกอบรมผู้นำเกษตรกร และการเผยแพร่กิจกรรมของงานพัฒนาที่ดินในเขตจังหวัดนครสวรรค์ พร้อมทั้งควบคุมการปฏิบัติงานของหน่วยพัฒนาที่ดินในระดับอำเภอ
9. สถานีพัฒนาที่ดินสุโขทัย มีหน้าที่ปฏิบัติการในด้านการพัฒนาที่ดิน การสาธิต การฝึกอบรมผู้นำเกษตรกร และการเผยแพร่กิจกรรมของงานพัฒนาที่ดินในเขตจังหวัดสุโขทัย พร้อมทั้งควบคุมการปฏิบัติงานของหน่วยพัฒนาที่ดินในระดับอำเภอ
10. สถานีพัฒนาที่ดินอุทัยธานี มีหน้าที่ปฏิบัติการในด้านการพัฒนาที่ดิน การสาธิต การฝึกอบรมผู้นำเกษตรกร และการเผยแพร่กิจกรรมของงานพัฒนาที่ดินในเขตจังหวัดอุทัยธานี พร้อมทั้งควบคุมการปฏิบัติงานของหน่วยพัฒนาที่ดินในระดับอำเภอ